В 1987 году, когда с началом перестройки в СССР были разрешены некоторые формы частного предпринимательства, Ходорковский с товарищами использовали свои комсомольские связи для создания на основе Фонда молодёжной инициативы Межотраслевого центра научно-технического творчества молодежи (НТТМ) при Фрунзенском райкоме ВЛКСМ под эгидой ЦК ВЛКСМ в рамках развития научно-технического творчества молодежи.[2][25] Тем самым Ходорковский проводил в жизнь очередное постановление коммунистической партии - о центрах научно-технического творчества молодежи.

На раннем этапе существования Центра поддержку Ходорковскому оказывали Сергей Монахов, первый секретарь Фрунзенского райкома ВЛКСМ, Игорь Смыков, член СМУиС МГК ВЛКСМ, Иван Бортник[26], первый заместитель Председателя ГКНТ СССР[27].

НТТМ занимался импортом[25] и сбытом компьютеров, варкой джинсов,[25] сбытом алкогольных напитков (в том числе поддельного коньяка[25]) и пр. — бизнесом, который в ту пору приносил высокие прибыли. Одновременно НТТМ зарабатывал на так называемом обналичивании средств.[25] В то время НИИ, КБ, заводы, в отличие от центров НТТМ, не имели права выплачивать своим и приглашенным сотрудникам за выполняемые сторонние заказы реально заработанные деньги. Чтобы обойти это ограничение, предприятия пропускали свои заказы через центры НТТМ, выплачивая им комиссионные — вначале 90 %, но постепенно, с ростом предложения этих услуг, суммы комиссионных снизились. Ходорковский и коллеги занялись обналичкой одними из первых[28] и уже в 1988 суммарный оборот торгово-посреднических операций НТТМ составил 80 млн рублей.

25 октября 2003 года Ходорковский был арестован в новосибирском аэропорту «Толмачёво» по обвинению в хищениях и неуплате налогов. 31 октября 2003 года Генеральная прокуратура РФ арестовала акции ЮКОСа.

К моменту ареста акций считался самым богатым человеком в России и одним из богатейших людей в мире, занимая в списке журнала Forbes 16 место. Согласно российской версии журнала Forbes, был самым богатым бизнесменом в России по данным за 2003 год. В 2003 году вместе со своими деловыми партнёрами был обвинён в совершении ряда экономических преступлений.

В мае 2005 года Мещанский районный суд Москвы признал Ходорковского виновным в мошенничестве, присвоении чужого имущества, неуплате налогов и других преступлениях. Был осуждён на 9 лет лишения свободы по нескольким статьям Уголовного кодекса. Кассационным определением Московского городского суда от 22 сентября 2005 года срок был снижен до 8 лет. В итоге основные нефтедобывающие активы компании «ЮКОС» перешли в собственность государственной нефтяной компании «Роснефть», а сама компания «ЮКОС» подверглась процедуре банкротства.

Некоторые общественные деятели и организации расценили приговор как преследование по политическим мотивам, инициированное российским политическим руководством в качестве мести Ходорковскому за его финансовую поддержку оппозиционных партий — КПРФ и «Яблоко»[10].

По мнению других наблюдателей, Ходорковский получил по заслугам http://ru.wikipedia.org/wiki/Ходорковск ... _Борисович

С марта 2005 года пребывал в следственном изоляторе «Матросская тишина» в связи с обвинением в покушении на Чубайса.

5 июня 2008 года коллегия присяжных заседателей Московского областного суда вынесла оправдательный вердикт. Присяжные посчитали, что вина подсудимых не доказана. Все подсудимые — Владимир Квачков и военнослужащие ВДВ в отставке Александр Найдёнов и Роберт Яшин — были оправданы.

6 июня 2008 года Квачков дал интервью радио «Эхо Москвы», в котором назвал Чубайса «национальным изменником и предателем».[11] Он также заявил, что Россия «оккупирована еврейской мафией, которая является матрицей для остальных преступных группировок». Общественная палата России направила запрос генеральному прокурору с просьбой проверить высказывания Квачкова, усмотрев в них признаки экстремизма[12].

26 августа 2008 года Верховный Суд РФ отменил оправдательный приговор по делу о покушении на Чубайса. Таким образом, суд удовлетворил ходатайство Генеральной прокуратуры РФ и направил дело на новое рассмотрение.[13]

21 августа 2010 года коллегией присяжных Мособлсуда признан невиновным в организации покушения на А. Чубайса в марте 2005 года.[15]

Верховный суд России в среду 22 декабря 2010 г. оставил без изменений оправдательный приговор полковнику Владимиру Квачкову по делу о покушении на экс-главу РАО На следующий день Квачков был вновь арестован по обвинению в организации вооружённого мятежа и терроризме.http://ru.wikipedia.org/wiki/